Канат Шеккалиев имеет большой опыт работы в Министерстве иностранных дел РК, Канцелярии Премьер-Министра РК, Министерстве обороны РК.
В период с 2017 по 2021 гг. работал Консулом Республики Казахстан в г.Астрахань (Российская Федерация) и Советником-Посланником Посольства Республики Казахстан в Российской Федерации.