По условиям договора двудипломной программы обмен обучающегося осуществляется после завершения I курса обучения специалитета, вторые, третьи и четвертые курсы обучаются в Азербайджанской Государственной Морской академии, защищают диплом, а после год доучиваются в Морской академии Yessenov University и повторно защищают дипломную работу по той же тематике, что в АГМА.
Программы реализуются на русском языке в одном из вузов с параллельным освоением программы по дистанционной образовательной технологии в другом вузе. Учебный процесс осуществляется в соответствии с внутренними регламентирующими документами Yessenov University и Азербайджанской Государственной Морской академии по согласованным учебным программам с взаимным признанием в рамках требований Болонской декларации. Студенты, обучающиеся по двудипломной программе, имеют преимущество в плавательной практике на конвенционных судах и полностью проходят сертификацию по конвенционным курсам.